bashrc 설정
# User specific aliases and functions
module load craype-mic-knl intel impi fftw_mpi/3.3.7 python/3.9.5
export PATH=$PATH:/home01/x3030a01/bin
#--check is any files will be deleted
find /scratch/x3030a01/ -type f -name ToBeDelete_* > ToBeDeletefiles.txt
echo `du -sh ToBeDeletefiles.txt`
ToBeDelete 가 있는 경우,
rename ToBeDelete_ '' ToBeDelete_*;touch *
* 기본적으로 miniforge3 를 사용하는 것이 나을 것 같다. (miniconda의 경우 repository를 바꾸는 등의 작업이 추가로 필요하기 때문)
(1) miniforge install : https://github.com/conda-forge/miniforge/ 에서 다운로드
(2) conda를 사용할때, SSL certificate errorr 가 생기는 경우. 다음과 같이 설정을 바꾼다.
conda config --set ssl_verify false
* apt 를 사용할때 certification poroblem ( "Certificate verification failed: ") 이 생기는 경우:
https://askubuntu.com/questions/1095266/apt-get-update-failed-because-certificate-verification-failed-because-handshake
의 예시를 따라서, /etc/apt/apt.conf.d/99verify-peer.conf 파일을 만들고, Acquire { https::Verify-Peer false } 를 추가해 준다. 위 예시에서는 update후 99verify... file을 지우라고 하는데, 나의 경우에는 유지해야했다....
*CUDA-FORTAN 을 사용하기 위해서는 https://developer.nvidia.com/cuda-fortran 에서 프로그램의 설명대로 진행한다. (위의 방법으로 apt의 certification 문제 해결) 이때, 주의할 것은 설치된 sdk 에는 openmpi 를 비롯한 compiler들이 포함되어 있고, 기존의 mpif90 등과 구분을 하여야 한다는 것이다. 설명대로 bashrc 에 nvidia/openmpi 용 mpif90 등의 path를 추가할 것.
* 미니콘다(mini conda)를 다운로드하기 위해서는 아래 명령어를 widows command prompt에서 사용한다. ( -k 가 없으면 인증서 문제가 있을 수 있다.)
curl -k https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Windows-x86_64.exe -o .\miniconda.exe
올해 부터는 간단하게라도 매일 무엇을 했는지 적어보기로 했다.
2025-05-22: 한동안 잊고 있었네.. 계속 작성할 필요가 있을까? 어제 PC 교체.
2025-04-08:
8He pinhole density plotting. Because of memory limitation, mpi gather have to be done with slices.
2025-03-24:
Fix the problem in pinhole calculation of 3He with SU(4) interaction.
(initialization of nsh_A was not compatible with initial waves.)
TOPTIER indico 페이지 수정.
2025-03-18:
8He(0+) and 8He(0+,2nd) Energy seems to be okay.
But, 8He(1-) is not okay. Testing 8He(1-) and 8He(2+)....
2025-03-12: Updated the NLEFT code to separate pp,pn,nn in GIB,GIR contributions.
currently runnig 8He calculations and 12C for separation benchmark.
2025-03-11: Study Shihang's pinhole storage code...
( @numba.jit(nopython=True) could be new thing I need to try.)
2025-03-08: Still working on the p-40Ar elastic scattering.
Dean suggest to study pinhole calculations of 8He with WFM interaction for the 4 neutron correlations....
2025-02-28 ~ 03-04: Tavel to Beijing for the Frontiers meeting.
2025-02-25:
(1) Still tweaking the p-40Ar scattering.
(2) SU(4) pinhole seems to be not the best to study the charge radius.
2025-02-11:
(1) NLEFT SU(4) pinhole calculation
(2) Fit elastic scattering experiments. Try to get dispersion relation.
2025-02-02:
(1) update GUI code
(2) Fit elastic scattering experiments with optical potential.
2025-01-22:
(1) study FRESCO output (meaning of each fort files)
(2) modify the code to get SU(4) essential Hamiltonian.
(3) introduce skipping in perturb_PIN calculation. Need to check with 6He.
However, somehow I used Rpro_phys=0 in test run.
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2025-01-16:
(1) running test code of savepin : v0(no savepin) v2 and v3
(2) how to profile fortran and mpi
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2025-01-14:
(1) update mod_savepin_v3.f90. and python code.
(2) study lightClsuterDistillation paper.
(3) DWIA formalism study
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2025-01-12:
(1) DWIA study: understand the T-amplitude expression.
(2) pinhole calculation Lt=200, 12C,14C,16O,18O,20Ne,22Ne done. However, the calculation seems to be too slow.
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2025-01-10:
(1) DWIA study
(2) KPS meeting bilateral session proposal
(3) 20Ne, 22Ne gs. energy calculation 거의 완료. 분석은 아직
20Ne, 22Ne,12C,14C,18O Lt=200 pinhole 계산중
(4) linear determinant method in YM's rank one note... not sure I understand this...
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2025-01-08:
(1) Quantum computing 공부중. VQE 코드 실행
(2) 20Ne, 22Ne gs. energy 계산중. 추가로 pinhole 계산 시작. (아직은 savepin 코드 수정안함.)
12C,14C, 16O, 18O 의 경우 계산 전에 메모리 테스트중.
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2025-01-03:
(1) https://qc.ascsn.net/landing.html 공부시작
(2) Nurion Ne isotope 계산 메모리 테스트
- 종료된 작업확인
$ qstat -xu [ id ]Ususal key binding ""ctrl+v"" in vim conflicts with Windows "paste".
To avoid this, one can change the Windows terminal key binding for copy and paste
into "ctrl+shift+c" and "ctrl+shift+v"
Edit %LocalAppData%\Packages\Microsoft.WindowsTerminal_8wekyb3d8bbwe\LocalState\settings.json file.
And change
Original :
{
"command":
{
"action": "copy",
"singleLine": false
},
"keys": "ctrl+c"
},
{
"command": "paste",
"keys": "ctrl+v"
},
Modified :
{
"command":
{
"action": "copy",
"singleLine": false
},
"keys": "ctrl+shift+c"
},
{
"command": "paste",
"keys": "ctrl+shift+v"
},
To compute a principal value integration
$\frac{E-E_s}{\pi} \int_0^\infty dx \frac{W(x)}{(x-E_s)(x-E)}$
One can change it into
$\frac{1}{\pi} \int_0^\infty dx \frac{W(x)}{(x-E)} - \frac{W(x)}{(x-E_s)}$
then using weight='cauchy' in quadpack, ( which multiply 1/(x-wvar) )
one can compute the integration as
quad(w,0.,200.,weight='cauchy',wvar=ee)[0]/np.pi -quad(w,0.,200.,weight='cauchy',wvar=es)[0]/np.pi
In case of Wolfram language, one can use
NIntegrate[(ee-Es)/Pi*W[x]/(x-Es)/(x-ee),{x,0,400.},PrincipalValue->True,PrecisionGoal->10,Method->"GlobalAdaptive",Exclusions->{6.0,ee}]
어떻게 fortran+mpi 프로그램을 프로파일링 하는지 공부.
인터넷을 찾아보니 주로 사용하는 방법은
(1) gprof 과 gprof2dot 조합 : 컴파일 시 -pg option필요
(2) valgrind, callgrind, kcashegrind 조합 : 컴파일 시 -g option 필요.
인 것 같다.
How to use gprof
(1) compile code with option -pg
(2) run the code : (mpirun generate multiple gmon.out )
export GMON_OUT_PREFIX=gmon.out #optional?
mpirun -np 3 ./run
(3) once gmon.out file is created, run gprof.
gprof run gmon.out.xxx > prof_result.txt
(4) reading prof_result.txt seems to show which subroutine is most time-consumming.